Atlas of Disappearance acompanha três familiares de desaparecidos na sua busca pelos restos mortais dos seus entes queridos, enfrentando obstáculos burocráticos, jurídicos e sociais que persistem décadas após a Guerra Civil Espanhola. Entre 1959 e 1981, o regime de Franco transferiu mais de 33 000 corpos de mais de 500 valas comuns para o Vale dos Caídos. Com base na investigação do realizador com a Forensic Architecture, o filme recorre a mapas digitais, arquivos de cidadãos e tecnologia forense para reconstruir o que a repressão procurou apagar e localizar as provas frágeis conservadas pelas famílias.